Le complexe se compose principalement de l’église Sourp Karapet (Saint-Jean-le-Précurseur), de la cathédrale Katoghike et de son gavit, une vaste salle d’accueil caractéristique de l’architecture arménienne médiévale. La cathédrale impressionne par son plan en croix inscrite, son tambour polygonal surmonté d’un dôme et la richesse de son décor sculpté. Son portail occidental est particulièrement célèbre pour son tympan représentant la parabole biblique des Vierges sages et des Vierges folles.
Au fil des siècles, Hovhannavank a subi plusieurs séismes, notamment en 1679 et en 1918, qui ont gravement endommagé certaines parties du monastère. D’importantes campagnes de restauration, engagées depuis les années 1980 avec le soutien de la diaspora arménienne, ont permis de préserver et de restituer ce précieux patrimoine. Aujourd’hui, Hovhannavank demeure un témoignage majeur de l’architecture religieuse arménienne et un haut lieu de mémoire spirituelle offrant un panorama exceptionnel sur les paysages de la vallée du Kasakh.