Le sanctuaire compte une vingtaine de lieux de culte (parfois annoncé : 22 à 25 chapelles et églises). Voici les chapelles et églises distinctes, hors les trois basiliques.
Lieux de culte autonomes
- Crypte (premier sanctuaire, 1866) — avec plusieurs petites chapelles, dont Saint-Michel (reliques de sainte Bernadette)
- Église Sainte-Bernadette (1988), rive droite du gave, face à la grotte
- Chapelle Saint-Joseph
- Chapelle Notre-Dame
- Chapelle de la Réconciliation (confessions)
- Chapelle de l’Adoration
- Chapelle Saints-Côme-et-Damien (messes en langues étrangères)
- Chapelle Notre-Dame-de-Guadalupe (mosaïques, près du Rosaire)
- Chapelle Pax Christi (dans la basilique Saint-Pie-X)
- Hémicycle / podium de la prairie (autel en plein air)
Chapelles intégrées aux basiliques
Basilique de l’Immaculée-Conception
Chapelles latérales et du déambulatoire dédiées notamment à sainte Germaine de Pibrac, saint François d’Assise, saint Pierre, etc., en lien avec les apparitions.
Basilique Notre-Dame du Rosaire
Quinze chapelles rayonnantes des mystères joyeux, douloureux et glorieux.
Basilique Saint-Pie-X
Espaces périphériques et chapelle Pax Christi.
Autres espaces de prière
- Grotte de Massabielle (cœur du culte, sans être une chapelle bâtie)
- Chapelles de lumière (cierges)
- Salles et chapelles des accueils (Notre-Dame, Marie Saint-Frai) et du Village des jeunes